SMA Negeri 1 Semanu Memiliki Masjid yang cukup besar. Masjid ini menjadi pusat kegiatan keagamaan Islam. Setiap senin-kamis di waktu zuhur, dikumandangkan azan yang kemudian dilanjutkan dengan salat berjamaah.
Selain menjadi tempat jamaah rutin salat zuhur, Masjid juga dimanfaatkan untuk pembelajaran Pendidikan Agama Islam. Pembelajaran yang biasanya diselenggarakan di masjid antara lain: praktik salat, praktik wudu, dan praktik ritualitas yang lain.
Masjid sekolah ini memiliki fasilitas yang lengkap. Audio yang representatif, kipas angin yang dapat menjaga suhu ruangan agar sejuk, dan tempat wudu yang memadai memungkinkan kegiatan peribadahan siswa dan seluruh warga sekolah terasa nyaman.
Masjid yang berada di sisi utara gerbang sekolah ini menjadi basis kegiatan ekstrakurikuler BTA (Baca Tulis Alquran) dan ekstrakurikuler Remaja Masjid. Selain itu juga menjadi pusat kegiatan peringatan hari besar Islam.
